Nykyisessä tavassa järjestää sähköinen ylioppilaskoe on monia haasteita. Järjestely perustuu USB-muistitikkuihin, joiden laadussa on suuria vaihteluita. Hankintahetkellä on vaikea tietää tikkujen todellista kirjoitusnopeutta. Kokelaskäytössä merkitsevä nopeus on tikun levynkuvan kirjoitusnopeus, koska tikkuja kirjoitetaan lukuisia. Palvelinkäytössä tärkein ominaisuus on pienten datamäärien kirjoitusnopeus, koska tikkua käytetään tietokannan muutosten tallettamiseen. Saman valmistajan saman mallin eli valmistuserissä voi olla kymmenkertaisia nopeuseroja.

Vaikka USB-tikut ovat tehokas tapa välittää laaja ohjelmistokokonaisuus koneelle, on tikkujen logistiikka työlästä sekä kurssikoe- että ylioppilaskoekäytössä. Lukiot ovat huomanneet hallinnoivansa satoja USB-tikkuja ja osa kouluista on sälyttänyt tikun kirjoittamisen opiskelijoiden harteille. Tästä seuraa muutoksenhallintaa, sillä opiskelijoiden tikkujen versioiden on vastattava palvelintikun versiota.

Koneen käynnistäminen USB-muistilta avaa joukon hyökkäysmenetelmiä, jotka perustuvat ainakin kahteen lähestymistapaan: tikun uudelleenkirjoitukseen ja ylimääräisten ohjelmistotasojen käyttöön.

Nykyisen koejärjestelyn turvallisuus perustuu USB-muistilla olevaan yhtenäiseen ohjelmistoon, sen asettamiin rajoituksiin ja valvontamekanismeihin. USB-muistin uudelleenkirjoittaminen koetilanteen alussa on kuitenkin mahdollista niin kauan kuin tikun muuttumattomuutta ei tarkasteta. Syksyn 2016 ylioppilaskokeista vain 25% kokelaista oli käynnistänyt koneensa UEFI/SecureBoot-menetelmällä.

Toisessa hyökkäysmenetelmässä USB-muistilla olevaa käyttöjärjestelmää ei ajeta suoraan koneen päällä, vaan väliin lisätään jokin muu ohjelmistokerros (esim. virtualisointi).

Kaikille kokelaille yhtenäinen käyttöjärjestelmä tarjoaa sovelluskehitykselle yhtenäisen alustan, mutta samalla käyttöjärjestelmän on toimittava kaikkien kokelaiden raudassa. Opiskelijan odotus on käytännössä se, että kokeen voi suorittaa missä tahansa kannettavassa tietokoneessa. Koska tämä ei ole todellisuudessa mahdollista, olisi suuri houkutus hyödyntää koneen natiivia käyttöjärjestelmää. Se yleensä käynnistyy ja sisältää raudan vaatimat ajurit.

Koneiden käynnistäminen USB-muistilta ei ole nykyiselläänkään helppoa. Pitkällä 5-10 vuoden aikavälillä merkittävä riski koneiden käynnistämisessä USB-muistilta on se, että koko menetelmä poistuu tai tehdään nykyistä paljon vaikeammaksi. Tähän viittaisi kehitys tabletti- ja puhelinmarkkinoilla. Ylioppilastutkintolautakunta ei halua joutua tilanteeseen, jossa kokeen suorittamiseen poistuu yhdessä yössä esim. Intelin ja Microsoftin keskinäisellä sopimuksella.